Yhteistoiminta on järjestetty kaksitasoiseksi, kuntayhtymätason sekä tulosyksikkötason yhteistoimintaorganisaatioksi. Luottamusmiestoiminta toimii kaikki pääsopijajärjestöt kattavana järjestelmänä. Kuntayhtymätasolla edustuksellisena elimenä toimii 12 -jäseninen yhteistyötoimikunta ja tulosyksikkötasolla mm. työpaikkakokoukset.
Yhteistyötoimikunta hoitaa myös kuntayhtymän työsuojelutoimikunnan tehtävät. Työsuojelun asiantuntijaorganisaatiossa toimivat henkilöstöjohtaja, työsuojelupäällikkö, kaksi työsuojeluvaltuutettua (fyysinen ja henkinen työsuojelu) ja lisäksi oppilaitoksissa toimivat 14 toimipistekohtaista työsuojeluasiamiestä.